كان للحديقة النباتية اليوم بين شوارع Benátská و Na Slupi و Apolinářská و Viničná روادها التاريخيون. تأسست أقدم حديقة نباتية في براغ على يد الصيدلي أنجيلو من فلورنسا في القرن الرابع عشر في مكان مكتب البريد الرئيسي اليوم في شارع Jindřišská. اعتاد تشارلز الرابع حضور هذه الحديقة أيضًا. منذ عام 1600 ، كان لليسوعيين حديقة نباتية بدلاً من رئاسة الحكومة اليوم في مدينة ليسير (مالا سترانا). تم بيع الحديقة بعد إلغاء النظام اليسوعي. في عام 1775 ، كان لدى ماريا تيريزا حديقة نباتية جديدة أقيمت في منطقة Smíchov في موقع حدائق Dientzenhofer الحالية في شارع V Botanice اليوم ، والذي كانت تملكه فيما بعد جامعة براغ. ومع ذلك ، عانت الحديقة من الفيضانات والصناعة وألغيت في عام 1902. ولذلك اشترت الدولة لجامعة براغ حديقة Společenská السابقة ، التي كانت موجودة في موقع الحديقة النباتية الحالية Na Slupi منذ عام 1845 وكان لديها بالفعل مجمع من الدفيئات التي بنيت كأجنحة للمعارض منذ عام 1882. تأسست حديقة Společenská من قبل الجمعية التشيكية لزراعة البساتين (keská společnost pro zvelebování zahradnictví). في عامي 1897 و 1898 تم نقل مجموعات المحمول هناك من Smíchov وبناء الدفيئات الجديدة. ثم تم تقسيم الحديقة النباتية بين الأجزاء التشيكية والألمانية من الجامعة. تم افتتاح كلا الجزأين احتفاليًا في عام 1898. تم بناء المعارض الجديدة والمشتل والدفيئات الزراعية والبرك تدريجياً.