تقسيم تاريخ حديقة ميسينا النباتية إلى ثلاث فترات
الفترة الأولى تمتد من 1638 إلى 1674.
إنه العصر الذهبي لجامعة ميسينا ، التي أصدرت في عام 1638 م مرسومًا بتأسيس حديقة نباتية ، وذلك من هورتس ميسانينسيس الذي كان ، من أجل الحياة والسكن ، أحد أفضل الحدائق النباتية في ذلك الوقت. لكن في عام 1674 تمرد المسيني ضد الإسبان الذين عادوا في عام 1678 وقمعوا الجامعة ودمروا الحديقة النباتية عن قصد.
تشير الفترة الثانية إلى الفاصل 1678-1838.
خلال هذه السنوات في ميسينا لا توجد جامعة حقيقية. تعيش الجامعة نوعًا من الحياة غير الرسمية من خلال الجمعيات الثقافية والأكاديميات ذات الأنشطة الخاصة أو المعترف بها جزئيًا فقط. للحفاظ على الحياة النباتية ، نشأت في هذه الفترة بعض الحدائق النباتية الخاصة ، التي يتردد عليها العلماء ، وآخرها ذهب لاحقًا للتدريس في الجامعة التي ولدت من جديد.
أخيرًا ، الفترة الثالثة من عام 1838 إلى يومنا هذا.
مع مرسوم بوربون لعام 1838 ، ولدت جامعة ميسينا من جديد ، وبعد بضع سنوات بدأت مشكلة الحديقة النباتية الجديدة في التفاقم ، والتي تأسست في الواقع في وقت لاحق. في هذه الفترة ، ضربت ميسينا كارثة 28 ديسمبر 1908 ؛ صدمة قوية جديدة للجامعة بأكملها ، وبالتالي للحديقة النباتية الجديدة التي لا تزال تتأثر حتى الآن بالنتائج المباشرة وغير المباشرة للزلزال الذي لا ينسى.