غالبًا ما يتم تشغيل الحدائق النباتية بواسطة الجامعات أو منظمات البحث العلمي الأخرى ، وغالبًا ما ترتبط ببرامج الأعشاب وبرامج البحوث في تصنيف النبات أو جانب آخر من جوانب علم النبات. من حيث المبدأ ، يتمثل دورها في الحفاظ على مجموعات موثقة من النباتات الحية لأغراض البحث العلمي ، والحفظ ، والعرض ، والتعليم ، على الرغم من أن هذا سيعتمد على الموارد المتاحة والمصالح الخاصة المتبعة في كل حديقة معينة.
يتم تتبع أصل الحدائق النباتية الحديثة عمومًا لتعيين أساتذة علم النبات في الكليات الطبية للجامعات في عصر النهضة في إيطاليا في القرن السادس عشر ، والذي استلزم أيضًا تنسيق حديقة طبية. ومع ذلك ، فإن الأهداف والمحتوى والجمهور من الحدائق النباتية اليوم تشبه إلى حد بعيد حدائق عظمة العصور القديمة وحديقة ثيوفراستوس في مدرسة ليسيوم أثينا القديمة.